Normalerweise würde ich bei der Entscheidung R5000 oder R4400 zu ersterem raten. Du hast da allerdings den langsamsten R5k und den schnellsten R4k, nimm am besten den R4400-200 mit 1MB Cache für die Indy.
Du kannst die 4x16MB aus der Challenge S mit 4x 8MB aus der Indy mischen, nur natürlich nicht in der selben Bank. Eine Speicherbank besteht aus vier nebeneinander liegenden Steckplätzen.
So erhältst Du 96MB Arbeitsspeicher.
Soweit es der Platz zulässt, kannst Du eine UW-Platte samt Adapter ebenfalls einbauen, die 3 GB sind aber auch schon viel.
Die Boot-Platte bei SGI muss nur entsprechend partitioniert sein, die SCSI-ID ist egal. Allerdings darf in der Indy die Platte nicht auf ID 0 eingestellt sein, da diese ID vom SCSI-Controller verwendet wird. 1-7 geht statt dessen.
Den komischen Lüfter kannst Du entfernen, der diente wohl zur Kühlung der Platte im Sommer. Wenn die Festplatte nicht gerade ein Renner mit 7200UpM ist, sollte es ohne Zusatzlüfter gehen.
Und nun noch eine andere Sache:
Wenn Du die CPU´s austauschst, muss in der Challenge S ein PROM-Chip mit Software-Version 011 eingebaut sein.
Du findest bei der Indy und ebenfalls bei der Challenge S auf der Hauptplatine einen länglichen, gesockelten Chip mit einem weissen Papieraufkleber. Dort ist eine Nummer aufgedruckt, die bei der Indy mit einer "-011" endet.
Kontrolliere, ob die Challenge S auf diesem Chip ebenfalls eine "-011" aufgedruckt hat, andernfalls läuft die CPU der Indy nicht in der Challenge S.
Diesen Chip müsstest Du in dem Fall ebenfalls vertauschen.
Das ist allerdings knifflig und sollte nur mit etwas Übung vorgenommen werden.
Soweit meine Antworten.