Die 540 ebenso wie die 320 kann nur von den Qlogic 1080/1280 (U2W bzw. Dual-Channel U2W) bzw. dem onboard IDE booten. Du kannst natürlich andere SCSI-Hostadapter (die die 3.3V-Kerbe für den PCI-Slot haben) einbauen und unter Windows bzw. Linux dann nutzen, aber halt nicht davon booten.
Ich habe noch so einen Qlogic 1080 aus einer 320 übrig, für 30€ geb ich ihn her. U2W (ca. 70MB/s real) reicht auch für eine Atlas 15k geradeso aus.