Ich mag halt das ganze Cygwin nicht, oder vielleicht besser gesagt, UNIX passt nicht zu Windows, letzteres ist einfach zu unflexibel und zu anders. Wenn man allerdings mit Cygwin kein Problem hat, ist man sicher mit XFree86 relativ gut beraten.
Ob allerdings ein X-Server in Java geschrieben das schlauste ist... ava ist zwar eine nette Sprache, aber die Programme sind einfach zu langsam. :/
Was ich bis jetzt an X-Servern für Windows gesehen habe, würde ich bei regelmäßiger Verwendung wirklich zu einem kommerziellen Produkt raten, es gibt sogar einige, die auch OpenGL unterstützen.